微胶囊有多种制备方法：

物理化学法中的凝聚法、溶剂-非溶剂法、复乳包裹法；

化学法中的界面缩聚法、辐射化学法；

物理机械法中的喷雾干燥法、喷雾冻结法、流化床包衣法等等。

对微生物来说利用界面缩聚法、挤压法等较为合适。常用的是挤压法，即将囊心和囊材混合均匀后挤压到固化剂中固化，或通过喷嘴喷入固化剂中而形成胶囊。